Kromosom 6 adalah salah satu dari 23 pasang kromosom pada manusia. Seorang manusia biasanya memiliki dua salinan kromosom ini. Kromosom 6 mencakup lebih dari 170 juta pasangan basa (bahan pembangun DNA) dan mewakili antara 5,5 hingga 6% dari total DNA dalam sel. Kromosom 6 berisi kompleks histokompatibilitas utama yang terdiri dari 100 gen lebih yang terkait dengan respons imun (respons kolektif dan terkoordinasi dari sistem imun tubuh terhadap pengenalan zat asing) dan berperan penting dalam transplantasi organ.
Pada 2003, keseluruhan kromosom 6 dianotasi secara manual untuk protein, menghasilkan identifikasi 1.557 gen dan 633 pseudogen.[1]
Berikut ini adalah beberapa perkiraan jumlah gen yang lebih baru. Karena para peneliti menggunakan pendekatan berbeda untuk penjelasan genom, maka prediksi mereka tentang jumlah gen pada setiap kromosom berbeda-beda (untuk perincian teknis, lihat prediksi gen). Proyek urutan pengodean konsensus kolaboratif yang dilakukan oleh CCDS menggunakan strategi yang sangat konservatif. Sehingga prediksi jumlah gen CCDS menunjukkan batas yang lebih rendah pada jumlah total gen pengode protein manusia.[2]