Kereta api ini pertama kali beroperasi untuk melayani lintas Semarang-Cepu-Bojonegoro dengan nama "Blora Jaya Ekspres" pada 15 Oktober 2009 menggunakan armada Kereta Rel Diesel Indonesia (KRDI) buatan PT INKA.[1] Pada tanggal 1 Mei 2011, sempat dilakukan penambahan jumlah perjalanan kereta api ini sehingga menjadi dua kali dalam sehari.
Mulai tanggal 4 Oktober 2016, layanan kereta api Cepu Ekspres—kereta api yang melayani lintas Surabaya-Cepu-Semarang—dihapus dan kereta api ini mengalami pengurangan jumlah perjalanan.[2] Selain itu, dilakukan penghapusan layanan kereta api ini untuk lintas Semarang-Bojonegoro sehingga hanya melayani lintas Semarang-Cepu.
Mulai tanggal 30 Juni 2017, pengoperasian kereta api ini sempat dihentikan karena rangkaian KRD yang digunakan sering mengalami masalah. Pengoperasian kereta api ini kembali diluncurkan menggunakan rangkaian kereta api Ambarawa Ekspres pada 5 Juli 2017. Selain itu, kata "Ekspres" pada nama "Blora Jaya" mulai dihilangkan.[3]
Per pengoperasian Grafik Perjalanan Kereta Api (Gapeka) 2021, layanan ini berubah menjadi layanan fakultatif, Per 14 Oktober 2021 Layanan Kereta api Blora Jaya ini akan berubah dari status fakultatif menjadi reguler, dan menambah pemberhentian di Stasiun Wadu.[4]
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh