Logo saat bernama STAKPN AmbonGedung Rektorat STAKPN Ambon
Asal mula berdirinya IAKN Ambon diawali dengan adanya terobosan-terobosan baru dari para tokoh Kristen di Pemerintahan khususnya Ditjen Bimas Kristen terhadap kemungkinan yang selama 52 tahun Kemerdekaan Indonesia sangat tidak mungkin terwujud yaitu bagaimana Pemerintah secara arif dan bijaksana melayani dan mendukung secara adil semua organisasi keagamaan yang ada dalam melaksanakan kegiatan-kegiatan keagamaannya. Salah satu terobosan itu adalah mendorong peningkatan status Akademi Pendidikan Guru Agama Kristen menjadi Sekolah Tinggi atau Institut Agama Kristen yang dikelola Pemerintah. Selain secara imania diyakini adanya penyertaan Tuhan, tetapi dengan semangat tinggi refarmasi maka usulan tersebut diterima Pemerintah yaitu mengintegrasikan Akademi Pendidikan Guru Agama Kristen Protestan Negeri menjadi Sekolah Tinggi Agama Kriten Protestan negeri dengan dikeluarkannya Keputusan Presiden RI (B. J. Habibie) Nomor 19 Tahun 1999, yang ditandatangani pada tanggal 13 Maret 1999 atau tidak cukup satu tahun reformasi bergulir. Dengan Keputusan Presiden RI Nomor 19 tahun 1999,ini, maka Menteri Agama menerapkan untuk pada tahap awal meningkatkan AKGAKPN Ambon dan Tarutung menjadi Sekolah Tinggi Agama Kristen Prostestan Negeri masing-masing dengan Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 85 tahun 1999, Tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja STAKPN Tarutung, dan KMA Nomor 86 tahun 1999, tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja STAKPN Ambon. Sumber daya untuk kebutuhan tenaga Pengajar saja Kepala Kanwil Departemen Agama Provinsi Maluku terpaksa merekomendasikan para pegawai untuk dimutasikan dari Kantor wilayah dan Kantor Departemen Agama Kota Ambon sebagai Pegawai Administrasi dan Tenaga Pengajar pada APGAKPN Ambon. Dengan demikian realitas bahwa belum tersedianya tenaga Dosen pada APGAKPN Ambon, sekaligus untuk memenuhi persyaratan formal Lembaga Pendidikan Tinggi termasuk STAKPN yang sementara digodok untuk diperjuangkan oleh para pemimpin Kristen yang dipelopori oleh jajaran Ditjen Bimas Kristen Protestan. APGAKPN Ambon pada waktu itu dipimpin oleh Drs. Listen Sirait selaku Direktur, dan R. Souhaly SH, Selaku Kepala Urusan Tata Usaha. Hanya dua jabatan ini yang terisi secara resmi, sementara jabatan lain semisal wakil direktur hanya ditentukan pelaksanaan tugas.
Sarana dan prasarana Pendidikan, meliputi Gedung Kuliah, Kantor, Perpustakaan, dan perlengkapan Kuliah dan Kantor meliputi kursi kuliah, lemari, buku perpustakaan, meja kantor, sebagian besarnya masih merupakan peninggalan PGAKP Negeri Ambon, dan sebagian kecil adalah pengadaan oleh APTK, dan APGAKPN. Sementara dengan sumber daya manusia meliputi Pegawai Administrasi dan Dosen, tanggal 25 April1998, dan oleh Menteri Agama Cq. Ditjen Bimas Kristen Protestan, mengangkat Drs. Listen Sirait selaku Direktur, dan R. Souhaly SH, selaku Kepala Urusan Akademik, Administrasi dan Umum, sedangkan untuk tenaga Dosen, dan Pegawai Administrasi Direktur dari Pegawai Departemen Agama di Kanwil Maluku, terdiri dari mantan Guru dan Pegawai PGAKPN Ambon, serta Pegawai Kanwil depag Provinsi Maluku yang dipandang memiliki kompetensi Akademik. Selain itu tambahan formasi pegawai dan Dosen APGAKPN sebanyak empat tenaga.
Menggambar kondisi faktual ini menunjukan bahwa realitas kehadiran APGAKPN Ambon, yang belum berusia satu tahun sehingga untuk memenuhi kebutuhan minimal persyaratan Pendidikan setingkat Akademi saja, belum dipenuhi apalagi untuk mendirikan jenjang Pendidikan yang lebih tinggi lagi. Atas permintaan Ditjen Bimas Kristen Protestan untuk pihak APGAKP Ambon dapat mempersiapkan persyaratan minimal berupa Tenaga Dosen yang memiliki kualifikasi S.1, S.2, S.3, dan Guru Besar. Dengan berbagai pendekatan kepada paraa akademisi di Universitas Pattimura, dan Universitas Kristen Maluku, serta pihak Kanwil/Dinas Pendidikan dan Olah Raga Maluku, di mana direspons sangat positif dan semua pihak tersebut siap membantu untuk menyerahkan fotokopi ijazah dan sertifikasi kompetensi Dosen lainnya. Setelah seluruh Pimpinan segera didatangi, maka lahirlah Rekomendasi Gereja-Gereja di Maluku terhadap dukungan berdirinya Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri Ambon.
Dengan berbekal persyaratan yang diminta oleh Ditjen Bimas Kristen Protestan tersebut, maka Drs. Listen Sirait, selaku Direktur APGAKPN Ambon, R. Souhaly SH, selaku Kepala Urusan Administrasi Umum Akademik secara bergantian berangkat ke Jakarta untuk mempelanjar proses berdirinya STAKPN Ambon. Dengan segala keterbatasan di atas, tetapi akhirnya pada tanggal 13 Maret 1999, Presiden RI, Habibie, menanda tangani Keputusan Presiden RI Nomor 19 Tahun 1999 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri, yang selanjutnya oleh Menteri Agama dikeluarkan KMA Nomor 154 dan 155, Tahun 1999 tentang Statuta yang menunjukan bahwa untuk pertama kali didirikan dua STAKPN, yaitu di Tarutung, Sumatera Utara, dan di Ambon, Maluku.
STAKPN Ambon secara dejure didasari selain Keputusan Presiden RI Nomor 19 Tahun 1999, maka oleh Menteri Agama dikeluarkan lagi dua regulasi yaitu KMA 86 tahun 1999 tentang Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi STAKPN, dan KMA 155 tahun 1999, tentang Statuta STAKPN Ambon, tetapi secara civitas berupaya keras agar segera lembaga baru ini diresmikan oleh Menteri Agama. Sambil terus melobi Ditjen Bimas Kristen di Jakarta, R. Souhaly setelah meminta pendapat, usul, saran dari sesama koleganya, mengeluarkan kebijakan yang sangat spektakuler yaitu menerima Mahasiswa baru tahun Akademik 1999-2000, untuk Program Sastra 1 Pendidikan Agama Kristen (PAK), dan Teologi, yang otomatis adalah yang beroperasinya STAKPN Ambon, dan selesailah riwayat APGAKPN Ambon.
Setelah Ditjen Bimas Kristen Protestan menerima kebijakan beroperasinya STAKPN Ambon dengan dibuka jurusan PAK program S1 Setelah Ditjen Bimas Kristen Protestan menerima kebijakan beroperasinya STAKPN Ambon dengan dibuka jurusan PAK program S1 dan Jurusan Teologi S1, maka oleh Ditjen Bimas Kristen Protestan memulai kebijakan untuk memutusi Pegawai dari Ditjen massuk menjadi Dosen dan Pegawai STAKPN Ambon.
Gambaran optimisme ini merupakan iman dari seluruh civitas STAKPN Ambon, dalam perenungannya pada hari ini Rabu, 25 April2007atas kasih dan kemurahan Tuhan selama tujuh tahun berlalu. Tiada kata lain selain ungkapan Syukur yang tak henti-hentinya kehadirat Allah Bapa di Sorga, atas semua perbuatan tangan-Nya yang ajaib, sambil terus bermohon dan berserah dalam doa dan pinta “Tuhan tuntunlah jalan kami, sebagaimana engkau telah manuntun kami tujuh tahun berlalu, jangan pernah meninggalkan kami karena tanpa-Mu, kami bukan siapa-siapa.” Dengan kekuatan Doa inilah Souhaly yang dalam rapat Senat STAKPN Ambon pada bulan Februari2007 secara aklamasi memilih dia selaku Ketua STAKPN Ambon periode kedua masa bakti 2007-2011, dan sementara menunggu Surat Keputusan Menteri Agama, akan mengendalikan perjalanan empat tahun ke depa
Program Studi
Fakultas dan Program Studi yang ada di IAKN Ambon antara lain:
