Pada hari hukuman merotan dilaksanakan, para terhukum yang terlibat akan memperoleh pemeriksaan kesehatan. Mereka akan berbaris dalam sebuah barisan untuk giliran masing-masing di tempat yang mana lokasi pelaksanaan hukuman merotan tidak bisa terlihat oleh mereka.
Pejabat Penjara Negeri Johor akan menyaksikan pelaksanaan merotan, bersama-sama dengan seorang dokter dari Rumahsakit Sultanah Aminah dan seorang pegawai penjara. Pemeriksaan teliti lalu diambil supaya hukuman merotan tidak dijatuhkan kepada orang yang salah.
Petugas penjara akan membacakan hukuman kepada terhukum, dan memintanya mengesahkan adakah hukuman yang terbaca itu betul atau tidak. Ia juga akan menanyakan terhukum tersebut apakah pembelaan telah dibuat. Jika belum, hukuman merotan akan ditangguhkan sehingga keputusan pembelaan dinyatakan.
Patung terpidana yg diikat ke rangka berbentuk "A". Dalam gambar ini, kepalanya masih belum diletakkan di bawah kayu melintang.
Terdakwa masih dalam keadaan telanjang selepas pemeriksaan kesehatan, kecuali sehelai penutup yang diikatkan di pinggang. Sewaktu dirotan, tangan dan punggungnya diikat kepada suatu rangka berbentuk "A". Kepalanya diletakkan di bawah sebatang kayu melintang supaya badannya membungkuk.
Algojo yang melaksanakan hukuman merotan haruslah kompeten dan disahkan melalui ujian/tes oleh pengadilan. Saat ini, mereka akan dibayar RM10.00 (atau sekitar 26 ribu rupiah menurut kurs sekarang) untuk setiap rotan, yang mana sebelumnya untuk tugas ini algojo dibayar RM1.00, atau sekitar duaribu enam ratus rupiah per satu rotan).
Dalam pelaksanaan tugasnya, algojo harus diberi waktu yang cukup. Pegawai penjara yang bertugas menghitung jumlah pukulan rotan tidak boleh menentukan waktu untuk pukulan rotan selanjutnya. Tugasnya cuma memastikan terhukum tidak dikenakan rotan yang melebihi atau kurang daripada apa yang ditetapkan oleh pengadilan.
Algojo akan memulai pelaksanaan hukuman dengan memegang rotan secara mendatar diatas kepalanya. Lokasi tempat pelaksanaan hukuman harus dalam keadaan tenang dan sunyi. Apabila algojo telah siap, maka ia akan melepaskan tangan kirinya dan mengayunkan rotan kearah punggung terpidana dengan sekuatnya, seperti pemain golf mengayunkan pemukul. Untuk mencapai akibat yang paling dahsyat, algojo perlu memastikan bahawa ujung rotan digunakan untuk memukul terhukum.
Rotan yang direndam dengan cairan "Pemutih Clorox" untuk membunuh kuman, juga akan meningkatkan kesakitan terhukum. Kulit punggung akan lebam/memar bila dirotan satu kali. Dan jika pukulan rotan lebih dari lima kali dikenakan, kulit punggung terpidana akan terkelupas robek dan mulai berdarah.
Semua hukuman merotan harus dijalankan dalam satu kesempatan. Sekiranya terhukum pingsan, atau dokter memerintahkan agar pelaksanaan hukuman dihentikan karena terdakwa tidak bisa melanjutkan hukuman nya saat itu (jika terlalu berbahaya bagi terpidana dan dapat menyebabkan kematian), pelaksanaan hukuman rotan akan dihentikan. Sebuah permohonan akan dibuat kemudian pada pengadilan supaya sisa hukuman rotan digantikan dengan hukuman kurungan. Biasanya, setiap rotan disamakan dengan lima atau enam bulan pengurungan.
Rotan yang sudah dipakai bisa digunakan kembali. Walaupun demikian, tindakan pencegahan perlu diambil untuk terpidana yang mengidap HIV/AIDS. Rotan yang baru akan digunakan untuk kasus tersebut, dan selesai digunakan, rotan itu akan dibakar. Algojo juga dikehendaki memakai alat perlindungan, sarung tangan dan topeng kaca penutup mata, ditakutkan daging dan darah terpidana yang menderita HIV/AIDS akan mengenai tubuh algojo.
Selesai dirotan, terpidana akan diantarkan ke klinikpenjara untuk mendapatkan perawatan. Terhukum akan dirumahsakitkan sehingga luka-lukanya sembuh, tergantung pada ketersediaan tempat tidur di klinik penjara. Sementara waktu, terhukum terpaksa berbaring dengan bagian perut menghadapi kasur, karena punggung yang telah cedera.
