Gräfendorf adalah kotamadya di Main-Spessart, Regierungsbezirk Unterfranken, Bayern, Jerman. Kotamadya ini adalah bagian Verwaltungsgemeinschaft Gemunden am Main.
Gräfendorf berada di Sungai Fraenkische Saale di Kawasan Würzburg dekat Gemuenden am Main.
Di Gräfendorf terdapat desa-desa Michelau an der Saale, Schonderfeld, Weickersgrüben dan Wolfsmünster.
Gräfendorf, beserta Wolfsmünster, Michelau dan Weickersgrüben, terletak di jalur KA Fränkische Saaletalbahn yang berjalan dari Gemunden am Main melintasi Bad Kissingen ke Ebenhausen.