Pada larut malam, kereta E beroperasi lokal di sepanjang rutenya. Kereta ini juga melayani dua perhentian lokal di timur Queens (75th Avenue dan Briarwood – Van Wyck Boulevard) pada malam hari dan akhir pekan. Layanan jam sibuk terbatas beroperasi ekspres sepenuhnya[1] ke 179th Street di ujung Queens Boulevard Line di Jamaica.
Rute E tidak memiliki stasiun jembatan atau permukaan. Semua stasiunnya berada di bawah tanah.