Daerah ini mengambil namanya dari posisi geografis relatif terhadap kota asli Brooklyn, yang saat ini mencakup permukiman yang disebutkan di bagian "Northwestern Brooklyn". South Brooklyn tidak terletak di bagian selatan borough saat ini.
Permukiman Belanda asli yang saat ini menjadi Brooklyn terdiri dari enam kota dengan perbatasan yang jelas. Permukiman tersebut kelak menjadi permukiman Inggris dan terus digabungkan sampai seluruh Kings County menjadi City of Brooklyn yang bersatu. Kota-kotanya adalah (searah jarum jam dari utara): Bushwick, Brooklyn, Flatlands, Gravesend, New Utrecht, dan Flatbush di tengah. Permukiman modern yang menggunakan nama ini secara kasar terletak di tengah masing-masing kota aslinya. Sejumlah wilayah enam kota asli juga merupakan kotamadya bebas selama beberapa waktu, sebelum akhirnya dianeksasi kembali.
Setelah referendum tahun 1894, seluruh City of Brooklyn ditetapkan sebagai borough New York City pada tahun 1898.
