Delapan belas bulan setelah pertempuran antara Superman dan General Zod di Metropolis, Superman telah menjadi tokoh kontroversial. Miliarder Bruce Wayne, yang telah beroperasi di Gotham City sebagai superhero veteran Batman selama dua dekade, melihat Superman sebagai ancaman potensial bagi kemanusiaan. Setelah mengetahui bentuk keadilan Batman, Clark Kent berusaha untuk mengekspos Batman melalui artikel Daily Planet. Wayne mempelajari bahwa pedagang senjata Rusia Anatoli Knyazev telah menghubungi LexCorp mogul Lex Luthor. Sementara itu, Luthor tidak berhasil mencoba meyakinkan Senator Juni Finch untuk mengizinkan dia mengimpor kryptonite yang diambil dari Samudra Hindia setelah usaha terraforming Zod, mengklaim bahwa dia ingin mempertahankannya sebagai "pencegah" melawan invasi Kryptonian di masa depan. Dia malah membuat rencana alternatif dengan bawahan Finch dan mendapatkan akses ke tubuh Zod dan kapal pramuka Kryptonian.
Bruce menghadiri sebuah gala di LexCorp untuk mencuri data terenkripsi dari mainframe perusahaan, namun memilikinya diambil dari agen barang antik bernama Diana Prince; Dia akhirnya mengembalikannya pada Bruce. Saat mendekripsi drive tersebut, Bruce memimpikan sebuah dunia pasca-apokaliptik, di mana dia memimpin sekelompok pemberontak melawan Superman fasis. Dia dibangunkan dari penglihatannya oleh orang tak dikenal yang memperingatkannya tentang peran penting Lois Lane di masa depan, dan mendesaknya untuk menemukan "yang lain" sebelum menghilang. [N1] Wayne kemudian menemukan bahwa Luthor juga menyelidiki meta human. Salah satunya adalah Prince sendiri, yang ditunjukkan dalam foto yang diambil saat Perang Dunia I. Wayne mengakui kepada Alfred Pennyworth bahwa dia berencana untuk mencuri kryptonite untuk membuat senjata, jika perlu untuk melawan Superman.
Pada sidang kongres, karena Finch mempertanyakan Superman mengenai validitas tindakannya, sebuah bom meledak dan membunuh semua orang yang hadir kecuali Superman. Percaya seharusnya dia mendeteksi bom tersebut, dan frustrasi karena kegagalannya menyelamatkan orang-orang, Superman pergi ke pengasingan yang dipaksakan sendiri. Batman menerobos LexCorp dan mencuri kryptonite, berencana menggunakannya untuk melawan Superman dengan membangun exoskeleton bertenaga, menciptakan peluncur granat kryptonite, dan tombak berujung kryptonite. Sementara itu, Luthor memasuki kapal Kryptonian dan mengakses rincian database teknologi yang luas yang dikumpulkan dari lebih dari 100.000 dunia.
Belakangan, Luthor menculik Lois dan Martha Kent, ibu angkat Clark, untuk membawa Superman keluar dari pengasingan. Dia mengungkapkan kepadanya bahwa dia memanipulasi Superman dan Batman dengan memicu ketidakpercayaan mereka satu sama lain. Luthor menuntut agar Superman membunuh Batman sebagai ganti nyawa Martha. Superman mencoba menjelaskan situasinya kepada Batman, namun Batman melawan Superman dan akhirnya mengalahkannya. Sebelum Batman bisa membunuhnya dengan tombak, Superman mendesak Batman untuk "menyelamatkan Martha", yang namanya juga sama dengan ibu almarhum Bruce, membingungkannya cukup lama agar Lois datang dan menjelaskan apa maksud Superman. Menyadari seberapa jauh dia telah jatuh dan tidak mau membiarkan orang yang tidak bersalah meninggal, Batman menyelamatkan Martha, sementara Superman menghadapi Luthor di kapal pramuka.
Luthor menjalankan rencana cadangannya, melepaskan monster rekayasa genetika dengan DNA dari tubuh Zod dan miliknya sendiri. [N 2] Diana Prince tiba tanpa diduga; Mengungkap sifat metahumannya, dia bergabung dengan pasukan Batman dan Superman untuk melawan makhluk itu. Menjadi jelas bahwa makhluk itu bisa menyerap dan mengalihkan energi, dan mengalahkan Pangeran, Batman dan Superman. Menyadari bahwa makhluk itu rentan terhadap kryptonite, Superman mengambil tombak kryptonite. Dengan bantuan Batman dan Prince yang mengandungnya, Superman menusuk monster itu, membunuhnya. Pada saat-saat terakhir, makhluk itu menusuk Superman yang melemah dengan salah satu tonjolan tulangnya, tampaknya membunuh Superman.
Luthor ditangkap dan Batman menghadapkannya di penjara, memperingatkan Luthor bahwa dia akan selalu mengawasinya. Luthor mengatakan bahwa kematian Superman telah membuat dunia rentan terhadap ancaman alien yang kuat. Sebuah peringatan diadakan untuk Superman di Metropolis. Clark juga dinyatakan meninggal dunia, dengan berbagai teman dan anggota keluarga termasuk Bruce Wayne dan Diana Prince yang hadir untuknya di Smallville. Martha memberikan amplop kepada Lois, yang berisi cincin pertunangan dari Clark. Setelah pemakaman, Bruce mengungkapkan penyesalannya kepada Diana tentang bagaimana dia gagal dalam Superman. Dia mengungkapkan kepadanya bahwa dia berencana membentuk tim metahuman, dimulai dari berkas Luthor, untuk membantu melindungi dunia tanpa kehadiran Superman. Setelah mereka pergi, kotoran di atas peti mati Clark mulai melayang.
