Bandar Udara Rishiri memiliki terminal penumpang berlantai dua. Lantai pertama digunakan untuk lobi kedatangan dan keberangkatan sekaligus; sedangkan lantai kedua digunakan sebagai dek pengamatan keadaan di sekitar bandar udara.[2]
Landas pacu di bandar udara tersebut berdimensi 1.800 × 45 meter dengan arah 067° dan 247°, dan permukaannya terbuat dari aspalbeton. Ketinggian rata-rata bandar udara ini adalah 105 kaki (30 meter) dari permukaan laut.[3]
^北海道利尻富士町. "フロアマップ利尻富士町". town.rishirifuji.hokkaido.jp (dalam bahasa bahasa Jepang). Diakses tanggal 15 Januari 2016.Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)