Berdasarkan Sensus Penduduk Indonesia 2010, mayoritas warga Bandar Pasir Mandoge menganut agama Islam.[4][5] Adapun persentasi penduduk kecamatan ini menurut agama yang dianut yakni Islam sebanyak 62,85%, kemudian Kristen sebanyak 37,14% yang mana Protestan sebanyak 36,17% dan selebihnya Katolik sebanyak 0,97%. Sebagian kecil menganut agama Buddha sebanyak 0,01%.[4] Sementara untuk sarana rumah ibadah di kecamatan ini pada tahun 2021, terdapat 68 masjid, 12 musala, 60 gereja Protestan, dan 6 gereja Katolik.[2]