Maskapai didirikan pada 12 August 1994 dengan nama Air Bosna.[3] Pada musim semi 2003, maskapai menghentikan operasi karena penumpukan hutang yang tidak bisa dibayar. Perusahaan ini tetap ditutup hingga Mei 2004, ketika pemerintah Federasi Bosnia dan Herzegovina berjanji untuk menghidupkannya kembali. pada Juni 2005 perusahaan beroperasi kembali dengan nama B&H Airlines, menggunakan sepasang pesawat ATR-72.
Pada akhir 2007, pemerintah Bosnia mengumumkan penjualan saham B&H Airlines.[3] Pada 23 Februari 2008 dikabarkan bahwa Turkish Airlines dalam negosiasi untuk membeli maskapai,[4] dan pada 30 Maret 2008 Croatia Airlines juga tertarik memiliki saham tersebut.[5] Pemerintah Federasi Bosnia dan Herzegovina juga mengundang Comintel dan MyAir untuk ikut memiliki maskapai.[6]
Tawaran diterima dari Turkish Airlines, Comintel Corporation dari Malaysia dan Konsorsium dari Yordania, di mana juga termasuk Royal Jordanian Airlines.[7] pada 29 Oktober 2008, pemerintah Bosnia mengumumkan bahwa Turkish Airlines menjadi penawar terbaik dalam lelang saham B&H Airlines.[8] Turkish Airlines menawarkan untuk untuk menutupi biaya leasing dua pesawat Boeing dan mengambil alih pinjaman pemerintah sebagai syarat penambahan saham.[8]